«جواد جوادی» در این فصل پا به دانشگاه امیر کبیر می‌گذارد. در همان بدو ورود طی اتفاق غیر مترقبه ای با مسعود و سپس قاسم که از اهالی بیرجند است آشنا می‌شود. گرچه دوستی جواد با این دو کمی دچار چالش بوده اما رفته رفته با یکدیگر رفیق می‌شوند. هر سه دوست با هم پیمان می‌بندند که با سخت کوشی و تحصیل، نخبه شده و به راحتی جذب دانشگاه پورتلند آمریکا که محل سکونت مژگان عباسی است بشوند. آنها در مقطع فوق لیسانس برای آزمایش پروژه خود وارد حریم ممنوعه شده و برایشان مشکلات عدیده امنیتی پیش می‌آورد. مشکلاتی که موجب می‌شود جواد به آینده اش و رسیدن به پورتلند نگران شود. در ادامه ماجرا خطرهای زیادتری دامن جواد و مسعود و قاسم را می‌گیرد. آنها در این فصل برای رهایی از موانع به نوبه خود اقدام می‌کنند. تیم جهت برای رسیدن به هدف بزرگشان در چند جبهه می‌جنگند. جنگ با رقبای دانشگاه، درگیری با بازار کار و تبعیض‌ها، جنگ برای اثبات خود به مدیران و مسئولین و صاحب صنایع، مرافعه با رئیس سخت گیر و مقرراتی دانشگاه آقای توفیقی، تلاش برای برطرف کردن سوءظنی که سرگرد خوشنام به آنها دارد باعث شده تا این فصل با فراز و فرودهای متعددی مواجه شود. به‌خصوص در میانه نبرد هر سه دوست درگیر مسائل عاطفی هستند یا می‌شوند که راه را برای رسیدن به پورتلند دشوارتر می‌کند… در پایان داستان، جواد از رفتن به پورتلند و ازدواج با مژگان منصرف می‌شود و تصمیم می‌گیرد با مرضیه، همکار و هم دانشگاهی اش، دختر دکتر توفیقی ازدواج کند. فصل سوم مجموعه تلویزیونی بچه مهندس در ۳۶ قسمت تهیه و تولید و در کنداکتور پخش ماه رمضان ۹۹ شبکه دو قرار گرفت.[۲۱]