Après avoir atteint son pic, la population mondiale a commencé à décliner dans le futur. Afin d’assurer la pérennité de l’espèce humaine, un projet de "diversification humaine" a été lancé, piloté par une IA. Ainsi, plusieurs populations génétiquement modifiées ont été, chacune, regroupées dans des quartiers de Tokyo, des Clusters, séparés par d’imposants murs. On y trouve des êtres anthropomorphes, des hommes ordinaires, des femmes, des enfants, etc. Chaque communauté vit tranquillement dans son propre Cluster sans vraiment se soucier de ce qui se passe ailleurs. Cependant, certains rêvent de liberté et cherchent à s'échapper, trouvant de l’aide auprès d’une organisation appelée Nigashiya…