Im Jahre 2071, wo im Universum kaum noch Recht und Ordnung herrscht, gewinnen Kopfgeldjäger, bzw. "Cowboys", immer mehr an Bedeutung. So reist die Besatzung des Flugschiffes Bebop durch das Sonnensystem, um ihrem Geschäft als "Cowboys" nachzugehen. Anfänglich besteht die Crew aus zwei Mitgliedern, Spike Spiegel und Jet Black. Im Laufe der Serie gesellen sich drei weitere hinzu: Faye Valentine, Ed und Ein, ein Welshi Corgi.