Cybersix est une femme artificielle qui s’est enfuie enfant pour échapper à son créateur, le professeur Von Richter, un chercheur nazi exilé dans la jungle sud-américaine. Elle s’est réfugiée dans une cité glauque, Méridiana, où elle a grandi sous l’identité d’un garçon décédé : Adrian Seidelman. Devenue adulte, travaillant comme enseignant, elle est détectée et poursuivie par les séides de son ancien maître et devra leur faire face, tout en gérant les avances d'une de ses élèves tandis qu'un de ses collègues, dans l’établissement où elle enseigne le jour en tant qu’homme, est amoureux de sa version féminine.