بعد ستة أشهر من الأحداث التي تم تصويرها في The Matrix ، أثبت Neo أنه فأل خير للإنسان الأحرار ، حيث يتم تحرير المزيد والمزيد من البشر من المصفوفة ونقلهم إلى صهيون ، المعقل الوحيد للمقاومة. اكتشف نيو بنفسه قواه الخارقة بما في ذلك السرعة الفائقة والقدرة على رؤية رموز الأشياء داخل المصفوفة ودرجة معينة من الإدراك المسبق. لكن خبرًا سيئًا يصيب المقاومة البشرية: 250000 من الحراس الآليين يحفرون إلى صهيون وسيصلون إليهم في غضون 72 ساعة. بينما تستعد Zion للحرب النهائية ، نصحت Oracle Neo و Morpheus و Trinity من قبل Oracle بالعثور على Keymaker الذي سيساعدهم في الوصول إلى المصدر. في هذه الأثناء ، أحلام نيو المتكررة التي تصور موت ترينيتي جعلته يشعر بالقلق ، وكأنه لم يكن كافيًا ، فقد نجا العميل سميث بطريقة ما من الحذف ، وأصبح أقوى من ذي قبل وثبت أن نيو هو هدفه التالي.